Plan du cours détaillé

Chapitre 1 : Généralité

1.     La microbiologie environnementale

2.     L’écologie microbienne

3.     L’écosystème = Biotope + Biocénose

4.     Le micro- environnement

5.     Les interactions microbiennes

5.1.     Interaction interspécifique

5.2.     Effet interactionnel microbien sur l’écosystème

Chapitre 2 : La microbiologie des eaux

1.     Les eaux naturelles

1.1.     Les eaux douces

1.1.1.      Les lacs

1.1.2.      Les ruisseaux et les rivières

1.2.     L’eau marine

1.2.1.      La microflore et écosystème des eaux marines

2.     Les eaux usées

2.1.     Caractéristiques des eaux usées

2.1.1.      Les eaux domestiques

2.1.2.      Les eaux industrielles

2.1.3.      Les eaux pluviales

2.2.     Impact écologiques des eaux usées sur l’eau des recevant

2.3.     Impact du rejet des eaux usées sur la santé publique

3.     Le traitement des eaux brutes

3.1.     Autoépuration des eaux

3.1.1.      Processus physico-chimiques

3.1.2.      Processus biologiques

3.2.     Traitement de l’eau potable

3.2.1. La coagulation

3.2.2.      La sédimentation (décantation)

3.2.3.      La filtration

3.2.4.      La désinfection

3.2.5.      La distribution

4.     Traitement des eaux usées

4.1.     Prétraitement (physique) : Dégrillage-dessablage-dégraissage

4.2.     Traitement primaire (physique)

4.3.     Traitement secondaire

4.4.     Traitement biologique tertiaire

4.5.     Mesure de la qualité des eaux usées

4.6.     Les  organismes  vivants  et  leur  rôle  dans  le  traitement  des  eaux  usées :

4.6.1.      Les bactéries

4.6.2.      Les algues

4.6.3.      Le zooplancton

Chapitre 3 : La microbiologie du sol

1.     Spécificité de l’écosystème tellurique

1.1.     Composition

2.     Formation

3.     Oxygène dans le sol

4.     Autres gaz

5.     Température

6.     pH

7.     L’eau

8.     La matière organique

9.     La microflore du sol : principaux groupement microbiens

9.1.     Les bactéries

9.2.     Les champignons

9.3.     Les actinomycètes

9.4.     Les algues

9.5.     Insectes et d'animaux

10.      Interactions avec le milieu, la faune, et les végétaux

10.1.       Interaction micro-organismes-milieu

10.2.       Interactions des micro-organismes- faune

10.3.       Interactions des micro-organismes-végétaux

10.3.1.    Les interactions conflictuelles

10.3.2.    Les interactions bénéfiques

11.      La fixation d’azote : symbiose légumineuses-Rhizobium

11.1.       Processus de nodulation

11.2.       Régulation de la fixation d’azote par la Leghémoglobine

11.3.       La fixation de l’azote

11.4.       Nodulation des tiges

Chapitre 4 : Les éléments de microbiologie du tube digestif

1.     Le microbiote digestif de l’homme

1.1.     Constitution du microbiote intestinal

1.1.1.      A la naissance

1.1.2.      Allaitement et alimentation

1.2.     Répartitions du microbiote digestif

1.2.1.      La cavité buccale

1.2.2.      L’estomac

1.2.3.      L’intestin grêle

1.2.4.      Le gros intestin - côlon

1.3.     Rôles du microbiote intestinal

1.3.1.      Effets digestifs

1.3.2.      Effets physiologiques

1.3.3.      Effets immunitaires

2.     La microflore digestive des ruminants

2.1.     Définitions

2.2.     Le microbiote du rumen

2.2.1.      Bactéries

2.2.2.      Protozoaires

2.2.3.      Champignons

2.2.4.      Les Archées

Chapitre 5 : La microbiologie de l’air : Contaminations et hygiène des locaux

1.     Source de contamination microbienne : Aérosol

2.     Principales contaminations

2.1.     En milieux d’agriculture

2.2.     En milieux hospitaliers

2.3.     En milieux industriels

3.     Règles d'hygiène et désinfection des locaux