Plan du cours détaillé

Chapitre 1 : Généralité. 1

1.     La microbiologie environnementale. 1

2.     L’écologie microbienne. 1

3.     L’écosystème = Biotope + Biocénose. 1

4.     Le micro- environnement 3

5.     Les interactions microbiennes. 3

5.1.     Interaction interspécifique. 4

5.2.     Effet interactionnel microbien sur l’écosystème. 6

Chapitre 2 : La microbiologie des eaux. 7

1.     Les eaux naturelles. 7

1.1.     Les eaux douces. 7

1.1.1.      Les lacs. 7

1.1.2.      Les ruisseaux et les rivières. 10

1.2.     L’eau marine. 11

1.2.1.      La microflore et écosystème des eaux marines. 11

2.     Les eaux usées. 12

2.1.     Caractéristiques des eaux usées. 12

2.1.1.      Les eaux domestiques. 12

2.1.2.      Les eaux industrielles. 12

2.1.3.      Les eaux pluviales. 13

2.2.     Impact écologiques des eaux usées sur l’eau des recevant 13

2.3.     Impact du rejet des eaux usées sur la santé publique. 13

3.     Le traitement des eaux brutes. 15

3.1.     Autoépuration des eaux. 15

3.1.1.      Processus physico-chimiques. 15

3.1.2.      Processus biologiques. 16

3.2.     Traitement de l’eau potable. 17

3.2.1. La coagulation. 17

3.2.2.      La sédimentation (décantation) 17

3.2.3.      La filtration. 17

3.2.4.      La désinfection. 18

3.2.5.      La distribution. 18

4.     Traitement des eaux usées. 18

4.1.     Prétraitement (physique) : Dégrillage-dessablage-dégraissage. 19

4.2.     Traitement primaire (physique) 19

4.3.     Traitement secondaire. 19

4.4.     Traitement biologique tertiaire. 20

4.5.     Mesure de la qualité des eaux usées. 20

4.6.     Les  organismes  vivants  et  leur  rôle  dans  le  traitement  des  eaux  usées : 21

4.6.1.      Les bactéries. 21

4.6.2.      Les algues. 22

4.6.3.      Le zooplancton. 22

Chapitre 3 : La microbiologie du sol 23

1.     Spécificité de l’écosystème tellurique. 23

1.1.     Composition. 23

2.     Formation. 23

3.     Oxygène dans le sol 24

4.     Autres gaz. 24

5.     Température. 24

6.     pH.. 25

7.     L’eau. 25

8.     La matière organique. 25

9.     La microflore du sol : principaux groupement microbiens. 26

9.1.     Les bactéries. 26

9.2.     Les champignons. 27

9.3.     Les actinomycètes. 28

9.4.     Les algues. 28

9.5.     Insectes et d'animaux. 29

10.      Interactions avec le milieu, la faune, et les végétaux. 29

10.1.       Interaction micro-organismes-milieu. 29

10.2.       Interactions des micro-organismes- faune. 30

10.3.       Interactions des micro-organismes-végétaux. 30

10.3.1.    Les interactions conflictuelles. 31

10.3.2.    Les interactions bénéfiques. 32

11.      La fixation d’azote : symbiose légumineuses-Rhizobium.. 33

11.1.       Processus de nodulation. 33

11.2.       Régulation de la fixation d’azote par la Leghémoglobine. 34

11.3.       La fixation de l’azote. 35

11.4.       Nodulation des tiges. 35

Chapitre 4 : Les éléments de microbiologie du tube digestif 37

1.     Le microbiote digestif de l’homme. 37

1.1.     Constitution du microbiote intestinal 37

1.1.1.      A la naissance. 37

1.1.2.      Allaitement et alimentation. 37

1.2.     Répartitions du microbiote digestif 38

1.2.1.      La cavité buccale. 38

1.2.2.      L’estomac. 38

1.2.3.      L’intestin grêle. 39

1.2.4.      Le gros intestin - côlon. 39

1.3.     Rôles du microbiote intestinal 40

1.3.1.      Effets digestifs. 40

1.3.2.      Effets physiologiques. 40

1.3.3.      Effets immunitaires. 40

2.     La microflore digestive des ruminants. 41

2.1.     Définitions. 41

2.2.     Le microbiote du rumen. 42

2.2.1.      Bactéries. 42

2.2.2.      Protozoaires. 44

2.2.3.      Champignons. 44

2.2.4.      Les Archées. 45

Chapitre 5 : La microbiologie de l’air : Contaminations et hygiène des locaux. 45

1.     Source de contamination microbienne : Aérosol 45

2.     Principales contaminations. 47

2.1.     En milieux d’agriculture. 47

2.2.     En milieux hospitaliers. 48

2.3.     En milieux industriels. 48

3.     Règles d'hygiène et désinfection des locaux. 49