L'utilisation excessive et non raisonnée d'antibiotiques dans l'élevage a entraîné de nombreux risques pour la santé humaine, mais le principal risque est la création d'une résistance aux antibiotiques, qui entraîne une augmentation du nombre d'infections chez l'homme.
L'utilisation excessive des antibiotiques vétérinaires peut affecter les écosystèmes et la biodiversité en perturbant l'écosystème du sol ( diminution de la fertilité du sol), en causant également la pollution de l'eau et la perturbation des écosystèmes aquatiques (augmentation de la mortalité des espèces aquatiques), et en nuisant également aux espèces sauvages.