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Les micro-organismes sont abondants sur notre planète, même dans notre propre corps humain. Étonnamment, un humain adulte transporte environ 1,25 kg de micro-organisme. On les trouve partout, sur la peau, dans la bouche, le nez et dans toutes les parties de notre corps intérieur, en particulier dans le tractus gastro-intestinal. En dehors de l’être humain, des micro-organismes, notamment des virus, des bactéries, des champignons et des protozoaires, prolifèrent dans tous les environnements connus, des régions arctiques gelées aux tropiques chauds.

D’ailleurs, les bactéries ont été les premiers organismes à évoluer sur Terre, elles étaient présentes environ 2 milliards d'années avant l'apparition des premiers eucaryotes. Ainsi, elles étaient essentielles au développement de la biosphère qui a permis l'évolution des différentes formes de vie supérieures.

On définit la microbiologie de l’environnement comme l'étude des micro-organismes dans tous les habitats terrestres et de leurs effets bénéfiques et néfastes sur la qualité de notre environnement et sur la santé et le bien-être humains, directement ou indirectement.

D’ailleurs, en interagissant entre eux et avec d'autres organismes, les micro-organismes sont également influencés par leur environnement immédiat, qu'il s'agisse du sol, de l'eau, de l'environnement marin profond ou d'un hôte végétal ou animal. Il est important de prendre en compte les environnements spécifiques dans lesquels les micro-organismes interagissent entre eux, avec d'autres organismes et avec l'environnement.

La microbiologie de l’environnement n'est pas seulement un domaine scientifique dynamique ; il est transformateur, en constante évolution à mesure que de nouveaux micro-organismes sont découverts et que de nouveaux aspects des activités microbiennes sont compris.

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